Ao final de setembro, Raccoon City havia sido invadida por zumbis - criações do T-vírus. Jill viu-se em um pesadelo que ela achava que já era passado, e foi forçada muito nas ruas de Raccoon City em si. Em 28 de setembro, Jill logo encontrou-se co-operação com um grupo de UBCS Umbrella soldados, ou seja, Carlos Oliveira, concordou em ajudá-los a chegar ao ponto de extração em Relógio St. Michael's Tower. No entanto, Jill também estava sendo perseguida e caçado pelo persistente Nemesis T-Type, implantado com a única finalidade de eliminar os STARS sobreviventes. Tendo a testemunha a execução brutal de Brad Vickers, Jill encontrou o monstro imponente muitas vezes durante o curso de sua última fuga. Ainda na torre do relógio, Jill entrou em uma longa batalha com o Nemesis, em que ela foi infectada pelo T-vírus. Inconsciente por quase três dias, o destino de Jill foi deixado nas mãos de Carlos Oliveira, que rapidamente correu para o Hospital Geral de Raccoon e conseguiu a síntese de uma vacina para o T-vírus. Felizmente, a vacina parece ter funcionado, e Jill foi salva de um destino terrível da morte em vida.
Dando continuidade à sua tentativa de escapar, Jill encontrou o Nemesis novamente antes de atingir o P-12A incineração de resíduos Facility, uma planta de tratamento de resíduos operados pela Umbrella e disfarçado de uma fábrica abandonada. Aqui, ela encontrou o dispositivo Umbrella, Nicholai Ginovaef uma última vez antes de sua fuga, deixando Jill à mercê do ataque tático que logo iria vaporizar Raccoon City. No entanto, no último momento, Jill e Carlos receberam uma transmissão ilegível de ninguém menos que Barry Burton, e os dois se apressaram a sair para cumprir o seu salvador. Em vez disso, Jill viu-se confrontado com a terrível mutante Nemesis uma última vez, e usando a arma Paraceleus 'trilho Espada, conseguiu subjugar o monstro antes de finalmente destruí-lo com tiros de revólver magnum. Por fim, Jill fugiu com Carlos e Barry na madrugada do dia 02 de outubro, prometendo trazer a Umbrella para baixo.
Jill começou a procurar por Chris Redfield, para que os dois poderiam finalmente realizar sua investigação, como originalmente planejado. No entanto, em 27 de dezembro, pesquisa de Jill só conseguiu transformar-se um refúgio de seu apartamento vazio. Na época, Chris tinha ido imediatamente para Rockfort Island, a fim de resgatar sua irmã. Apesar de, após seu retorno, o par posterior se reuniram e formaram a Private Unidade Anti-Biohazard, resolvendo para caçar os remanescentes da Umbrella e destruir todos os traços da corporação.
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